Les tout premiers habitants de l'archipel pourraient être des peuples de langue bantoue, arrivés de Tanzanie il y a plus de 2 000 ans. L'histoire de l'archipel s'explique largement par sa position géographique : au beau milieu des différentes routes commerciales sillonnant l'océan Indien, empruntées à la fois par les marchands et les colons, il établit des relations commerciales avec l'Arabie et d'Afrique de l'Est dès 700 av. J.-C. Les premiers colons, des commerçants, s'installèrent au début de notre ère, entraînant les premiers métissages avec les peuples bantous. C'est ainsi que se développèrent peu à peu la langue et la culture swahilie dans la région.
Les échanges entre l'archipel, les pays arabes et le golfe Persique prospérèrent entre le XIIe et le XVe siècle. Zanzibar devint un état puissant, grand pourvoyeur d'esclaves, d'or, d'ivoire et de bois. L'islam, importé par les marchands, s'implanta dès le XIe siècle. L'arrivée des Portugais au début du XVIe siècle marqua la fin de cet âge d'or et le début des luttes intestines dans l'archipel. Au début du XVIIIe siècle, les Arabes d'Oman chassèrent les Portugais et dominèrent Zanzibar jusque dans les années 1860.
Le commerce des esclaves s'accrut alors considérablement afin de répondre à la demande des plantations d'Amérique du Nord et du Sud. Au milieu du XIXe siècle, l'archipel détenait le triste record du pays le plus grand pourvoyeur d'esclaves de la côte. Environ 600 000 esclaves auraient transité par Zanzibar entre 1830 et 1873.
En 1861, Zanzibar se sépara d'Oman pour devenir un sultanat indépendant. Sous le règne du sultan Barghash (1870-1888), la Grande-Bretagne et l'Allemagne se partagèrent une grande partie de la région et en prirent le contrôle économique. En 1890, les Britanniques instaurèrent un protectorat à Zanzibar et réduisirent le commerce des esclaves. L'archipel acquit son indépendance en 1963. Un an plus tard, après un coup d'état sanglant, il signa une déclaration d'unité avec le Tanganiyka (la Tanzanie continentale) pour former la République unie de Tanzanie. Au cours de cette année troublée, les Africains, majoritaires, chassèrent de la tête du pays et des affaires les Arabes, qui exerçaient une domination de longue date.
Les rivalités entre Zanzibar et Pemba et les conflits entre partisans et opposants de l'unité avec le continent continuèrent néanmoins à faire rage. Les deux principaux partis politiques sont le Chama Cha Mapinduzi (CCM) et le Civic United Front (CUF), mouvement d'opposition très implanté à Pemba. Les tensions s'exacerbèrent encore lors des élections de 1995 et ne se sont guère apaisées depuis. Souvent cibles de violences, les habitants de Pemba se sentent en effet de plus en plus marginalisés et floués. Les élections de 2000 ébranlèrent une nouvelle fois le calme relatif qui avait été restauré et entraînèrent une explosion de violence à Pemba en janvier 2001. Depuis, les efforts de dialogues entre le CCM et le CUF ont permis de rétablir une paix précaire, mais les problèmes de fond n'ont pas été résolus.
Les élections du 30 octobre 2005 ont conduit à la réélection du président Amani Abeid Karume et à la victoire du CCM. Ces élections ont à nouveau été contestées par le CUF et ont causées de violents affrontements dans l'archipel.
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