Des camionnettes aménagées, ou dalla-dallas (minibus), rallient toutes les villes de l'île de Zanzibar. On peut louer une voiture, une mobylette ou une moto à un prix raisonnable. Les pannes et les accidents ne sont toutefois pas rares. Vu la faible superficie de l'île, il s'avère souvent plus simple, et pas nécessairement beaucoup plus cher, de s'arranger avec un taxi. Il est également possible de louer une bicyclette ou de participer à des excursions organisées.
Si vous disposez de suffisamment de temps, le tour de l'île de Pemba peut s'effectuer facilement. Les chauffeurs de bus proposent souvent de vous conduire sur des sites moins connus moyennant participation financière. Comme à Zanzibar, on peut sinon louer une voiture, une moto ou un vélo, idéal à Pemba. Il n'existe pas de transport en commun sur les autres îles de l'archipel, mais on peut parfois louer un vélo directement à d'un habitant. Aucun avion ne relie les îles de l'archipel entre elles.
Air Tanzania propose six vols hebdomadaires entre Zanzibar et Dar es-Salaam en Tanzanie. ZanAir et Coastal Aviation affrètent des vols quotidiens entre Dar es-Salaam, Zanzibar et Pemba. Il existe quelques liaisons internationales directes au départ de Zanzibar. Si votre budget vous le permet, arrivez à Zanzibar directement en avion afin d'éviter les vendeurs ambulants qui guettent les touristes sur le port des ferries. L'aéroport de Zanzibar se trouve à 7 km au sud-est de Zanzibar Town. Pour rejoindre la ville, prenez le bus U ou un taxi. La plupart des hôtels de Stone Town proposent des navettes gratuites. Une taxe d'aéroport de 20 $US s'applique à tous les vols au départ de Zanzibar. Des ferries relient quotidiennement Dar es-Salaam à Zanzibar et trois bateaux par semaine effectuent la liaison avec Pemba (via Zanzibar). Enfin, il existe deux traversées hebdomadaires entre Zanzibar et Pemba. Le prix des ferries comprend une taxe portuaire de 5 $US.
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