Parmi les nombreuses espèces animales indigènes aux Philippines figurent le tamaraw, un buffle nain sauvage, qui vit dans les montagnes de Mindoro, le tarsier, le primate le plus petit du monde et le tabius, à peine plus grand. Ces deux petits singes sont en voie de disparition ; ils ont de surcroît le malheur d'être la proie de l'aigle des Philippines, le haribon, l'un des plus grands oiseaux de proie. Le carabao, ce buffle d'eau que les Philippins surnomment "l'ami du paysan", est l'animal domestique le plus employé.

La flore des Philippines comprend plus de 10 000 espèces d'arbres, d'arbustes et de fougères. Les pins dominent dans les montagnes du Nord de Luçon, les palmiers et différentes espèces de bambou dans les plaines et le long des côtes. La forêt vierge couvre environ 10% du territoire ; sa flore, d'une incroyable diversité, comprend des fougères géantes rares et plus de 900 variétés d'orchidées. S'ajoutent de nombreuses cultures : riz, maïs, coprah, canne à sucre, fruits tropicaux, chanvre et tabac. Le narra est l'arbre national du pays et la sampaguita parfumée, que les Philippins portent autour du cou, la fleur emblématique.