Près de 6 500 espèces végétales sont recensées dans le pays, qui alterne les végétations des climats tempéré et tropical. Le sal, arbre aux larges feuilles semi-caduques, les forêts pluviales d'acacias et de bois de rose et le kapokier sont caractéristiques de la zone tropicale. Entre 1 000 et 2 700 m, les zones sub-tropicale et tempérée basse sont propices aux pins, pins bleus, chênes et châtaigniers. La zone tempérée haute (2 400 à 4 000 m) est le domaine des forêts pluviales de rhododendrons, sapins et sapins-ciguë. On trouve également de hauts conifères à cette altitude, ainsi que des forêts d'érables et de lauriers. Le sapin argenté, le chêne et le bouleau sont présents à l'étage subalpin (3 000 à 4 000 m). Ils sont remplacés par des bambous nains et des rhododendrons arbustifs dès qu'il fait plus humide. Seules les espèces de fleurs sauvages les plus tenaces sont présentes entre 4 000 m et la limite des neiges.

Paradis des ornithologues, 10% des espèces d'oiseaux répertoriées au niveau mondial sont présentes au Népal. Cigognes, grues, hérons, aigrettes se rencontrent dans les basses terres, tandis que des rapaces de toutes tailles évoluent dans les cieux himalayens (vautours fauves, gypaètes barbus, aigles.). Les grands mammifères sauvages ont vu leur population régresser. Au sommet de la chaîne alimentaire se tient le tigre royal du Bengale, qui peut se rencontrer dans le parc de Chitwan, au Teraï. Autre félin rare, le léopard tacheté est plus difficile à observer que le tigre. Le léopard des neiges est protégé des chasseurs du fait de son environnement inhospitalier. Le rhinocéros unicorne, l'éléphant d'Asie et quelques espèces de cervidés sont présents dans les basses terres. Deux primates subsistent au Népal : le macaque rhésus et l'entelle commun. L'ours noir de l'Himalaya est un fléau pour les cultures de céréales, proches des forêts tempérées.