Le pays est bien desservi par les lignes aériennes intérieures, mais l'avion revient cher. Il existe des vols réguliers à destination de Tsumeb, Rundu, Katima, Mulilo, Keetmanshoop, Luderitz, Swakopmund et Oshakati. Les opérateurs de charters ne manquent pas, mais les vols qu'ils proposent sont encore plus onéreux. Quant aux bus, ils se limitent à quelques autocars privés luxueux qui circulent entre Windhoek, Le Cap et Johannesburg. Des minibus locaux effectuent toutefois le trajet Pshakati-Kettmanshoop sur la B1.
La compagnie ferroviaire du Trans-Namib relie entre elles la plupart des grandes villes du pays. Ce service est fiable et les trains comportent une classe économie et des couchettes ; si vous n'êtes pas pressé, c'est un moyen peu onéreux et agréable, malgré son extrême lenteur, de découvrir le pays.
Le moyen le plus simple pour se déplacer dans le pays demeure cependant la voiture ou la moto. Le réseau routier namibien est excellent. On trouve des voitures, des motos et des 4x4 à louer, mais à un prix exorbitant, auquel il faut ajouter le coût de l'essence car il s'agit de longs trajets. Il revient moins cher de visiter le pays en se joignant à un voyage organisé en camping, qui permet aussi de découvrir des endroits reculés et difficilement accessibles comme la Skeleton Coast, Damaraland, le Kaokoveld, Kunene Valley et le Bushmanland. Windhoek possède un service de bus local et des taxis.
Si la Namibie n'est pas précisément un pivot du trafic aérien international, l'expansion rapide du tourisme en Afrique du Sud laisse envisager de prochaines baisses de tarifs. South African Airways (SAA) assure des vols quotidiens entre Johannesburg, Le Cap et Windhoek. Air Namibia dessert Harare (Zimbabwe), Lusaka (Zambie) et Gaborone (Botswana) deux fois par semaine au départ de Windhoek. Par voie terrestre, vous pouvez franchir les frontières namibiennes à partir du Bostwana, de la Zambie, du Zimbabwe et l'Afrique du Sud. Une ligne ferroviaire relie De Aar à Windhoek, qui bifurque vers Johannesburg et Le Cap. Gagner la Namibie en voiture depuis l'Afrique du Sud est agréable, le réseau routier étant bien entretenu. Il est également possible de faire du stop, mais les chauffeurs de camions s'attendent aujourd'hui à une participation financière (environ 1,50 $US par 100 km).
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