Hormis les zones désertiques de l'Altiplano Central et de l'ouest de la Sierra Madre occidentale, le Mexique offre une grande variété de zones de végétation. Les chênes et les pins sont représentés au centre du pays, malgré une déforestation galopante. Une bonne partie du Sud-Est du pays abrite la forêt tropicale humide (fougères, épiphytes, palmiers, acajous, sapotille), qui souffre elle aussi du déboisement. Les plaines côtières de l'ouest et le nord de la péninsule du Yucatán sont dominés par des forêts de résineux.

Ratons laveurs, armadillos, skunks, lapins et serpents se rencontrent dans la majeure partie du Mexique. Dans le nord, le bétail a repoussé les gros mammifères - pumas, daims, coyotes - dans des régions isolées, souvent montagneuses. Les forêts tropicales du sud et de l'est sont le domaine de prédilection des singes-araignées et singes hurleurs, des jaguars, des ocelots, des tapirs, des fourmiliers, des pécaris, des daims et de divers reptiles tropicaux comme le boa constrictor. L'iguane et le gecko se rencontrent dans les zones les plus chaudes, tout comme les scorpions.

L'ordre des oiseaux est représenté par des colibris, perroquets, perruches, toucans, flamants roses et quelques rares quetzals.