Les forêts et les parcs nationaux sont une véritable aubaine pour les amoureux des plantes et des animaux. On recense plus de 200 espèces de mammifères et 450 sortes d'oiseaux, 250 espèces de reptiles, 90 de grenouilles, 150 000 d'insectes. Parmi les mammifères, citons l'éléphant, le rhinocéros (rarissime), le tapir, le tigre, le léopard, l'ours, plusieurs sortes de cervidés et de bovidés, divers singes dont l'orang-outang au pelage roux et le nasique de Bornéo, reconnaissable à son long nez mou ; le pangolin, un étrange fourmilier à écaille, mesure près d'un mètre. Les chats domestiques, souvent blanc et orange, sont particulièrement curieux avec leur queue courte et tordue. Parmi les nombreux oiseaux présents dans le pays, le calao est tout à fait spectaculaire avec son énorme bec surmonté d'un casque.

La flore est tout autant diversifiée ; la Malaisie péninsulaire compte plus de 8 000 espèces de plantes à fleurs, dont 2 000 d'arbres, 800 d'orchidées et 200 de palmiers. On y trouve l'arbre tropical le plus haut de la planète, le tualang (80 m), et la plus grande fleur du monde, la rafflésie (large de 1 m et pesant jusqu'à 9 kg).

Plusieurs parcs nationaux et réserves, tant sur le continent qu'au Sabah et au Sarawak, témoignent d'une prise de conscience écologique en plein développement. Dans la péninsule, le Taman Negara est une introduction spectaculaire au monde primitif des anciennes forêts équatoriales. Sur la côte Est, le parc d'Endau-Rompin abrite les derniers rhinocéros de Sumatra. Sur l'île de Bornéo, le parc de Gunung Gading est célèbre pour ses rafflésies et celui du Mont Kinabalu attire les randonneurs.