Madagascar est une véritable arche de Noé. Outre un grand nombre de plantes médicinales utilisées par l'industrie pharmaceutique, l'île compte des espèces endémiques de bambous, 170 variétés de palmiers (la majorité est endémique), du raphia (qui n'existe plus guère que là) et davantage d'espèces d'orchidées que le continent africain. Le plus célèbre des végétaux malgaches est cependant le Ravenala madagascariensis (ravinala en malgache signifie"arbre du voyageur"). Évoquant par sa forme un gigantesque éventail, ce cousin du bananier est devenu un symbole de la Grande île. On dénombre par ailleurs six espèces de baobabs et neuf variétés de Pachypodium, plus communément appelés "pied d'éléphant"

La faune est encore plus impressionnante. Les lémuriens viennent en tête de la longue liste des espèces endémiques : la majorité de la vingtaine de variétés de ces sympathiques animaux qui appartiennent à l'ordre des prosimiens (un sous-ordre des primates) n'existent en effet que sur l'île Rouge. Le plus célèbre est sans conteste le maki catta (Lemur catta), qui se repère facilement grâce à sa longue queue fournie, rayée de noir et de blanc. Le maki à couronne (Lemur coronatus) mâle, très chic, arbore des joues rousses ainsi qu'un dos et des pattes d'un brun orangé mâtiné de gris. La femelle maki macaco (Lemur macaco), pour sa part, se reconnaît à sa barbe blanche et aux touffes de poil blanches assez denses de ses oreilles. L'hapalémur doré (Hapalemur aureus) n'a été découvert qu'en 1985, sur un site faisant aujourd'hui partie du parc national de Ranomafana. Son cousin l'hapalémur à nez large (Hapalemur Sinus) est le plus rare des lémuriens. Présumé éteint, il a réapparu en 1972 avant de disparaître à nouveau jusqu'à la fin des années 80. A peine plus gros qu'une souris, le microcèbe roux (Microcebus rufus) peut faire des bonds de plus de 3 m d'une branche à une autre. C'est néanmoins le propithèque de Verreaux ou Sifaka (Propithecus verreauxi), qui offre le spectacle le plus sensationnel avec son incroyable " danse ". L'indri (Indri indri), dont certains spécimens peuvent peser jusqu'à 7 kg, détient le titre du plus grand lémurien, connu pour ses cris obsédants pour défendre son territoire. Le Aye-aye (Daubentonia madagascariensis), enfin, est doté de grandes oreilles de chauve-souris, d'une grosse tête, d'une queue touffue et d'une fourrure noire ébouriffée.

Vous pourrez également rencontrer sur la Grande île des mangoustes, chauves-souris, fosa (le plus grand carnivore de l'île, proche du petit puma), 250 espèces d'oiseaux dont 106 endémiques, des caméléons, des geckos, des crocodiles, des serpents (inoffensifs), des grenouilles (148 espèces endémiques) et 3 000 variétés de papillons dont la majorité ne se rencontrent nulle part ailleurs ! Ajoutons que 500 et 700 baleines passent chaque année près de la côte occidentale de l'île Sainte-Marie, entre juillet et septembre. De nombreux spécimens restent sur place pour s'accoupler ou mettre bas.

Du fait de la déforestation, de certaines pratiques culturelles et de la pollution, certaines espèces animales et végétales malgaches sont menacées.