Le Japon flotte, tel un cheval de mer démembré, le long de la côte orientale du continent asiatique. Lors du dernier grand dégel, il y a environ 10 000 ans, le niveau de la mer s'éleva, recouvrant la langue de terre qui reliait le pays au continent. De nos jours, il se compose d'une chaîne d'îles (quatre principales et quelque mille îles plus petites) chevauchant un arc montagneux, dont le point culminant est le mont Fuji (3 776 m). Beaucoup de ces montagnes sont volcaniques - d'où des paysages somptueux et de nombreuses sources d'eau chaude, mais aussi des tremblements de terre et des tsunami (raz-de-marée). C'est en effet l'une des régions de la planète où l'activité sismique est la plus importante.
Le climat y est fort complexe : le territoire est montagneux, l'archipel est très étiré, la masse continentale est toute proche... Le Nord connaît des étés courts et des hivers longs et neigeux, tandis que les îles du Sud sont plus chaudes et plus humides. En hiver, l'air froid et sec en provenance de la Sibérie rencontre les masses d'air plus moites du Pacifique, provoquant des chutes de neige de grande ampleur dans l'Ouest du pays. Les mois estivaux sont dominés par l'air chaud et humide du Pacifique, entraînant des températures élevées et une humidité importante. La fin de l'été apporte avec elle les typhons - les côtes subissent alors des pluies torrentielles et des vents très forts.
La situation géographique très variée (subtropical dans le Sud, subarctique dans le Nord) a produit une grande diversité dans la faune et la flore, et l'inaccessibilité de nombreuses régions montagneuses a permis de préserver des régions d'une grande beauté naturelle, notamment dans le centre de l'île de Honshu et les parcs naturels de celle de Hokkaido. Les plus grands mammifères carnivores sont les ours : un ours brun peut atteindre jusqu'à 2 m et peser jusqu'à 400 kilos. Les macaques et les salamandres géantes ne se trouvent qu'au Japon.
Tout cela ne saurait faire oublier que le pays est un vandale en matière d'environnement : on y massacre les baleines et les dauphins, on y détruit les forêts, on y pollue les océans et l'atmosphère, on y déploie des filets dérivants...
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