D'une superficie inférieure à la Belgique, Israël est délimité à l'ouest par la mer Méditerranée, au nord par le Liban et la Syrie, à l'est par la Jordanie et au sud par l'Egypte. Le pays est traversé par la Rift Valley, fossé d'effondrement qui s'étend de la Turquie au Mozambique. Ce fossé est occupé par la mer Morte, les vallées du Jourdain, d'Arava et de Hula, et la mer de Galilée. Le Jourdain représente le seul fleuve important dans cette contrée aride et l'agriculture n'est pratiquée que dans le Nord. La mer Morte, principale étendue d'eau, possède une très forte teneur en sel ; c'est également le point le plus bas de la terre (390 m au-dessous du niveau de la mer). Elle est flanquée par le désert de Judée, qui devient celui du Néguev au sud.
Le climat israélien est difficile à définir : quand il neige sur Jérusalem, il peut très bien faire 23°C près de la mer Morte. Mais, en général, il s'agit d'un climat tempéré comportant deux saisons principales, l'hiver et l'été. L'hiver, de novembre à mars, est parfois rigoureux et les précipitations sont abondantes dans le Nord. L'été est le plus chaud en-dessous du niveau de la mer (jusqu'à 40°C à Eilat), bien que les nuits soient parfois très fraîches dans le désert. Au printemps, les vents font parfois monter la température de manière spectaculaire.
Trois zones géographiques se juxtaposent en Israël, expliquant la richesse de la vie sauvage. Le Nord, humide et montagneux, abrite des forêts de lauriers et des rivières où vivent des loutres. Le Sud, désertique, est le royaume des palmiers-dattiers, des tulipes et des iris sauvages. Des oiseaux migrateurs du monde entier transitent par Israël lorsqu'ils changent d'hémisphère. Les parcs nationaux (près de 300) couvrent un cinquième du territoire. Les Israéliens ont réalisé des prouesses en transformant certaines zones du désert en jardins et en réintroduisant des espèces disparues de la région depuis les temps bibliques.
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