Avec pas moins de 19 écosystèmes différents, le Guatemala recèle une multitude d'espèces animales, dont 250 de mammifères, 600 d'oiseaux, 200 de reptiles et d'amphibiens ainsi que de nombreux papillons et autres insectes. Oiseau national, le quetzal, que vous avez peu de chance d'apercevoir, symbolise toute l'Amérique centrale. D'une beauté rare, il possède une gorge rouge vif et son dos, ses ailes, son cou, sa tête et sa très longue queue sont bleu-vert. Parmi les autres oiseaux, les toucans, à l'énorme bec coloré, et les perroquets, au plumage flamboyant vous émerveilleront. Les mammifères comptent des jaguars, des ocelots, des pumas, des singes-araignées et des singes hurleurs, des tapirs, des kinkajous, des koatimundis, des pizotes, des tepzcuintles, des chevreuils à queue blanche, des tatous et des lamantins. Citons encore trois espèces de tortues de mer (tortue luth, Ridley olive et tortuga negra) et deux de crocodiles.

Les forêts de palétuviers sont présentes sur les deux côtes, celles de pins, dans les montagnes de l'intérieur et les forêts tropicales en altitude. Plus de 600 espèces d'orchidées poussent dans le pays.

Une trentaine de zones protégées, pour la plupart dans des endroits reculés, englobent les parcs nationaux (parques nacionales) et les réserves biologiques (biotopos).