Certains animaux n'ont pas vraiment changé depuis dix millions d'années, à savoir le crocodile, l'iguane, le boa et le gecko. Vous aurez moins de chance en revanche de voir le solenodo et le hutia, deux espèces locales de rongeurs nocturnes. Chèvres, chiens et chevaux, importés d'Europe, l'emportent toutefois largement sur les mammifères indigènes. Certains lagons abritent de grandes tortues d'eau douce. La baleine à bosse, qui migre chaque année de l'Atlantique nord aux Caraïbes, se reproduit dans deux sites au large des côtes dominicaines : Bahía de Samaná, à l'est, et Banco de la Plata, à 100 km au nord de Puerto Plata. Si un lamantin se dirige vers vous alors que vous nagez, sachez que cet animal insolite ressemblant à un énorme cigare (il peut peser jusqu'à 600 kg), n'est poussé que par son naturel curieux. Deux des quatre espèces de lamantin, le caraïbe et l'antillais, vivent dans les eaux dominicaines. Quant aux tortues marines, quatre sur les huit espèces existant dans le monde vivent près des rivages de l'île.

Du désert à la forêt subtropicale et aux forêts d'altitude, l'île compte une vingtaine d'écosystèmes différents. Le plus répandu,la forêt subtropicale,se reconnaît au palmier royal, peu élevé, au tronc épais et à l'imposante frondaison. L'anacardier, le palmier jaguar et l'acajou sont également des essences courantes. Dans le sud-ouest, cactées, agaves et massifs d'arbustes épineux abondent. C'est notamment le cas dans ce désert sous les tropiques qu'est le Parque Nacional Jaragua, la plus grande zone protégée du pays. Sur la côte, la mangrove rouge, plus luxuriante que la blanche, tord les longues racines noires de ses palétuviers dans des eaux que la pénombre rend peu rassurantes.