Des bus relient la capitale aux autres villes du pays moyennant 3 $US environ. Soyez patient, car les bus ne partent que lorsqu'ils sont pleins. Un train dessert Ali Sabieh, et des bateaux circulent tous les jours entre Djibouti et Tadjourah et Obock, sur la rive nord du golfe de Tadjourah.
Aeroflot, Air France, Air Tanzania, Ethiopian Airlines, Yemenia et Daallo Airlines desservent Djibouti. Il est désormais possible d'entrer à Djibouti en venant de l'érythrée, à condition de faire tamponner son passeport à Obock. En théorie, en combinant plusieurs bus, on peut se rendre en éthiopie, mais le trajet en train est plus pratique. Les cargos ne prennent pas de passager. Il n'est pas possible de se rendre en Somalie, vu l'état d'insécurité qui règne dans ce pays.
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