Deux compagnies intérieures desservent le pays : Sansa et Travelair. La demande est forte et mieux vaut réserver à l'avance. La plus grande vigilance est recommandée aux voyageurs avant d'entreprendre un vol sur les lignes intérieures. Assurez-vous notamment que le transporteur est bien enregistré auprès de la Direction de l'aviation civile. La plupart des Ticos ne possèdent pas de voiture, mais le réseau des bus publics fonctionne bien. De San José, le principal centre des transports, on peut rejoindre la plupart des régions. Le système est parfois un peu chaotique et les bus pas toujours confortables, mais les tarifs sont très abordables.La voie ferrée, installée par la United Fruit, qui reliait San José à Puerto Limón a été fermée à la fin des années 80. Son état de décrépitude la rendait dangereuse et, faute de moyens, le gouvernement n'a pu continuer à l'entretenir. C'est bien regrettable car elle suivait un parcours fantastique. La ligne de chemin de fer entre Puntarenas et la capitale, très endommagée par le tremblement de terre de 1991, n'a toujours pas été réouverte. Les taxis font des courses longue distance et on peut les louer à l'heure, pour la demi-journée ou à la journée. Vous trouverez également des voitures et des motos de location à San José. L'état des routes est globalement médiocre : mieux vaut ne pas circuler la nuit, surtout durant la saison des pluies (de mai à novembre).
Les vols internationaux arrivent à l'aéroport international Juan Santamaria d'Alajuela, à 17km de San José. L'aéroport de Liberia, à 217 km au nord-ouest de la capitale, accueille également des vols internationaux depuis qu'il a été agrandi. Le Costa Rica est bien desservi à partir des états-Unis, du Canada et de plusieurs pays d'Amérique latine. En provenance d'Europe, vous devrez prendre une correspondance à Miami ou dans un autre pays d'Amérique centrale. Les tour-opérateurs visent les voyageurs aisés et pratiquent des prix élevés.
Du Nicaragua, on entre au Costa Rica par voie terrestre au poste-frontière de Penas Blancas. En venant du Panama, on peut franchir la frontière à Paso Canoas, sur la côte ouest, à Sixaola/Guabito, sur la côte caraïbe, ou à Río Sereno, près du parque nacional Volcán Barú.
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