La majeure partie du pays est constituée d'un plateau aride broussailleux. Au nord, la végétation tend à se raréfier pour laisser place à des dunes de sable, prémices du Sahara. Le sud, au contraire, voit s'étendre forêts et champs de canne à sucre, tandis que l'est s'étage en plateaux boisés. Les trois grands fleuves du pays, le Mahoun (Volta noire), le Nazinon (Volta rouge) et le Nakanbe (Volta blanche), irriguent le plateau central du nord au sud et d'ouest en est.

La déforestation et la désertification menacent le pays, accentuées par la sécheresse, la croissance rapide de la population, les trop nombreux pâturages et les difficultés économiques. Une bande de terre de 70 km autour d'Ouagadougou est aujourd'hui totalement désertique. Ce phénomène est dû à la surexploitation du bois, unique source d'énergie des habitants. Quelques parcs et réserves parviennent à résister à ce désastre, et les grands parcs nationaux accueillent encore des éléphants, des hippopotames, des buffles, des antilopes et des crocodiles.