L'Amazonie, qui couvre 42% du territoire, est une réserve de la diversité des espèces rencontrées au Brésil (primates, amphibiens, plantes, oiseaux, papillons ou reptiles...). Dans le Pantanal, vaste marécage réparti sur trois pays, dont le Brésil, les fleuves sortent de leur lit pendant la saison des pluies. Ils forment alors des îlots de terre sèche où se rassemblent les animaux. Ce régime d'inondations saisonnières rend l'agriculture impossible et limite les incursions humaines. Conséquence, le Pantanal constitue un magnifique territoire pour la faune. Lorsque le niveau de l'eau baisse, lagons et marais s'assèchent et se couvrent d'herbe. On dénombre 270 espèces d'oiseaux mais aussi des mammifères : loutres, jaguars, cougars, tapirs, toutes sortes de rongeurs, des caïmans et le fameux capybara, facile à observer.

Les espèces de plantes varient en fonction du sol et de l'irrigation : palmiers, muscadiers brésiliens, hévéas et flore aquatique, telle que le nénuphar géant se succèdent selon l'altitude. La forêt conserve quantité de secrets et l'inventaire des espèces animales reste aléatoire. On peut citer le paresseux, le tatou, le singe hurleur, le singe araignée, la tortue, de nombreuses variétés de serpents, d'oiseaux et d'insectes en tout genre.