Les îles sont plus arides au Sud et plantées surtout d'arbustes et de cactées. On dénombre plus de 1 370 espèces de plantes sur les îles, dont 120 espèces endémiques, comme l'acajou des Bahamas. Les pins dominent les îles du nord et de l'ouest, agrémentées également de palmiers nains, des palmiers sabals et de fougères. Les côtes occidentales sont le domaine des mangroves, ces zones marécageuses remplies de palétuviers, les seuls arbres à survivre dans l'eau salée. Les fleurs abondent toute l'année, luxuriantes et colorées, telles les grosses grappes violettes du lilas des Indes. Spectaculaires, celles du mahoe bleu, une variété endémique d'hibiscus, passent du jaune au rouge flamboyant.

L'archipel ne compte plus que 13 espèces de mammifères endémiques, toutes en voie de disparition. Il s'agit presque uniquement de chauves-souris, comme le rhinolophe américain. L'unique mammifère terrestre indigène est le hutia, un petit rongeur proche du cochon d'Inde, également menacé. Les ours ne sont pas rares sur les îles les plus grandes. Le bétail, les ânes et les chevaux, rendus à l'état sauvage depuis la disparition des exploitations de sel, constituent les principaux habitants des îles du sud. L'archipel abrite par ailleurs 44 espèces de reptiles. On rencontre très souvent un lézard à la queue recourbée prenant le soleil sur les pierres. Des rorquals à bosse et des baleines bleues surgissent parfois dans les vagues à l'est des îles, de même que des dauphins à gros nez et, plus rarement, des dauphins tachetés.